A fjord-like tropical ecosystem, Pacific coast of Costa Rica: overview of research in Golfo Dulce / Un ecosistema tropical similar a un fiordo, costa del Pacífico de Costa Rica: panorama de la investigación en el Golfo Dulce

Abstract Introduction: Coastal ecosystems worldwide are under the influence of local, regional and global stressors, such as pollution, eutrophication and climate change. Golfo Dulce is a relatively pristine and accessible deep tropical ecosystem that provides opportunities for comparative and collaborative research. Objective: To summarize published reports on past research conducted in this ecosystem, identify topics for further study, and suggest new research issues. Methods: A search was made on the web for reports based on research conducted in Golfo Dulce and published in scientific journals. Reports focusing on environmental parameters and on the biota were included. Results: A total of 123 studies that include data from Golfo Dulce are cited. The four topics more frequently addressed were reports based on the results of the R/V Victor Hensen expedition (1993-1994) and follow-up work on microbiology, studies on water parameters, research on vertebrates, and zooplankton studies. The reports focusing on vertical profiles of oxygen and temperature are discussed in detail, followed by those on the biota. Conclusions: Golfo Dulce has low oxygen concentrations below 50 m and is frequently anoxic at the 200 m deep basin with occasional formation of H2S. However, the ecosystem contains a relatively high diversity of identified organisms, from bacteria to whales. Of particular relevance for future studies are multidisciplinary surveys aiming at obtaining data on primary productivity, the diversity and biomass of the main groups of planktonic, demersal and benthic organisms, and the frequency and magnitude of the influx of deep offshore waters over the sill into the basin. These data, as well as the information gathered in the past, are essential for updating the trophic model developed more than 25 years ago and in support of new predictive models on the functioning of the ecosystem.

Resumen Introducción: Los ecosistemas costeros alrededor del mundo están bajo la influencia de tensores locales, regionales y globales, como la contaminación, la eutroficación y el cambio climático. El Golfo Dulce es un profundo ecosistema tropical relativamente inalterado y accesible, que provee oportunidades para la investigación comparativa y colaborativa. Objetivo: Resumir los informes publicados sobre investigaciones pasadas realizadas en el ecosistema, identificar tópicos para estudios futuros y sugerir nuevas áreas de investigación. Métodos: Se hizo una búsqueda en la red de informes basados en investigaciones hechas en Golfo Dulce y publicadas en revistas científicas. Fueron incluidos aquellos informes sobre parámetros ambientales y la biota. Resultados: Un total de 123 estudios que incluyen datos sobre Golfo Dulce son citados. Los cuatro tópicos citados con más frecuencia fueron: Los resultados de la expedición del R/V Victor Hensen (1993-1994) y estudios de seguimiento sobre microbiología, informes sobre parámetros acuáticos, investigaciones sobre vertebrados y estudios sobre zooplancton. Los informes sobre perfiles de oxígeno y temperatura son presentados con mayor detalle, seguidos por aquellos sobre la biota. Conclusiones: Golfo Dulce tiene bajas concentraciones de oxígeno por debajo de 50 m y es usualmente anóxico a 200 m en el fondo, con formación ocasional de H2S. Sin embargo, el ecosistema contiene una diversidad de organismos identificados relativamente alta, desde bacterias hasta ballenas. De relevancia particular para futuros estudios es, entre otros, la conducción, de muestreos multidisciplinarios orientados a obtener datos sobre productividad primaria, la diversidad y biomasa de los principales grupos de organismos planctónicos, demersales y bénticos, así como la frecuencia y magnitud del flujo de agua oceánica hacia el interior. Estos datos, así como los obtenidos en el pasado, son esenciales para actualizar el modelo trófico desarrollado hace más de 25 años, o en apoyo de nuevos modelos predictivos de funcionamiento del ecosistema.

Respuestas del mesozooplancton a condiciones oceanográficas en diferentes escalas en Bahía Salinas, Pacífico Norte de Costa Rica, durante 2011-2013

Introducción: El Pacífico Norte de Costa Rica se caracteriza por presentar una variación de la temperatura subsuperficial del mar (TSSM) modulada por vientos superficiales de componente este, con variaciones estacionales e intra-estacional. La TSSM es fundamental para las interacciones de la interfase océano-atmósfera y de gran influencia en los procesos biológicos marinos. Los estudios de zooplancton en el Pacífico Norte son escasos y se han enfocado en la composición, abundancia y biomasa de macro y mesozooplanctonen en Bahía Culebra. No se han realizado trabajos sobre zooplancton al norte del Golfo de Papagayo. Objetivo: Analizar la variación del zooplancton de Bahía Salinas a diferentes escalas como respuesta a condiciones oceanográficas-atmosféricas. Métodos: durante algunos meses de los años 2011, 2012 y 2013, el mesozooplancton fue muestreado en siete estaciones siguiendo un gradiente costero-oceánico para determinar su abundancia, biomasa y composición de la comunidad. Se realizaron lances de CTD en cada estación, y se recopilaron datos horarios de la TSSM desde junio de 2003 a diciembre de 2017. Resultados: La temperatura superficial anual en Bahía Salinas es menor en diciembre-abril con un mínimo secundario en julio y mayor en mayo-junio, y agosto-octubre. Los eventos fríos, neutros y cálidos determinados por anomalías en la TSSM, presentaron una distribución de la temperatura en la columna de agua con estratificación horizontal, de mezcla vertical y homogénea, respectivamente. La distribución espacial del zooplancton no presentó diferencias significativas y la variación del promedio total de abundancia y biomasa mostró un comportamiento similar durante el período de estudio, con menor variación en el primer año en comparación con el segundo, siendo los copépodos la categoría predominante para todas las fechas. A escala estacional no se observó un patrón general de variación entre estación seca y lluviosa y, copépodos y otros grupos del zooplancton fueron las categorías que presentaron diferencias. A escala intra-estacional la abundancia y biomasa presentaron una relación inversa con la TSSM y se vieron afectadas de manera diferencial. Los copépodos y zooplancton gelatinoso se diferenciaron en todos los eventos. Conclusiones: El zooplancton de Bahía de Salinas responde de manera diferencial en las diferentes escalas a las condiciones climáticas que afectan la TSSM de la región. La clasificación de las fechas de muestreo en eventos permite caracterizar diferentes perfiles en la columna de agua, así como permite definer patrones de variación para el mesozooplancton, que refleja la adaptación a corto plazo en función de la variación de las condiciones ambientales. El conocimiento generado ayuda a comprender mejor los fenómenos oceanográficos y su efecto sobre las poblaciones de plancton y la biota en general, especialmente en el escenario de cambio climático y las manifestaciones modernas de su impacto, p. e. la acidificación oceánica y pérdida de biodiversidad marina.

Introduction: The North Pacific of Costa Rica is characterized by presenting a variation of the subsurface temperature of the sea (SSST) modulated by surface winds with east component, with seasonal and intra-seasonal variations. The SSST is fundamental for the interactions of the ocean-atmosphere interface and influence marine biological processes. Zooplankton studies in the North Pacific are scarce and have been focused on the composition, abundance and biomass of macro and mesozooplankton in Culebra Bay. No works on zooplankton has been carried out northward of Papagayo Gulf. Objective: To analyze the variation of the zooplankton in Bahía Salinas at different scales in response to oceanographic-atmospheric conditions. Methods: during 2011, 2012 and 2013, mesozooplankton was collected in seven stations following a coastal-ocean gradient to determine abundance, biomass, and community composition. CTD casts were also carried out in each station. Hourly data of the Sea Subsurface Temperature (SSST) were obtained from June 2003 to December 2017. Results: The annual surface temperature in Bahía Salinas was lower in December-April with a secondary minimum in July and higher in May-June and August-November. The cold, neutral and warm events determined by anomalies in the SSST, presented a distribution of the temperature in the water column with horizontal stratification, vertical mixture and homogeneous, respectively. The spatial distribution of zooplankton did not show significant differences and the variation of the total average abundance and biomass showed a similar behavior during the study period, with less variation in the first year compared to the second one, being the copepods the predominant category for all the dates. On a seasonal scale, a general pattern of variation between dry and rainy seasons was not observed, and copepods and others zooplankton groups were the categories that presented differences. On an intra-seasonal scale, abundance and biomass showed an inverse relationship with SST. Copepods and gelatinous zooplankton (GZ) were differentiated in all events. Conclusions: The zooplankton of Bahía Salinas respond differentially at different scales to the climatic conditions that affect the SSST of the region. The classification of the sampling dates into events allows characterizing different profiles in the water column it also allows to define the variation patterns for mesozooplankton that reflects short-term adaptation as a function of variation in environmental conditions. These findings help to understand how oceanographic processes determine plankton community composition and biota in general. This is relevant in times of climate change and the manifestation of its impact through processes such as ocean acidification and loss of marine biodiversity.

Community structure of coral reef zooplankton in Isla del Coco National Park, a natural World Heritage site in the Eastern Tropical Pacific

Introduction: Zooplankton is a major link between primary producers and the following trophic levels, and in coral reefs they represent an energy source for corals and involve complex assemblies integrating a wide variety of species form different functional groups. Objective: To define interannual changes in zooplankton assemblies in coral reefs of Isla del Coco. Methods: Three coral reefs system were sampled. Two or three samples were taken by surface horizontal trawls in each coral reef from 2009 to 2012, using conical zooplankton nets of 200 and 500 µm mesh sizes at different times of the day. Physical and chemical variables were measured before zooplankton sampling. Results: We identified 24 taxonomic groups of macrozooplankton and 22 of mesozooplankton. Copepods were the most abundant taxa (87.1%) of the total abundance of mesozooplankton and macrozooplakton (58.9%); however, chaetognaths (35.6%) exceeded copepods (35.4%) in abundance in macrozooplankton samples during 2011. Mesozooplankton samples showed higher abundance (68753.2±9123.2 ind m-3) and biomass (85.14±11.3 mg DW m-3) than macrozooplankton samples (4454.9±751.0 ind m-3, 22.8±3.8 mg DW m-3). The interannual macrozooplankton community structure did not change significantly (ANOVA, p=0.368), but did change for mesozooplankton (ANOVA, p=0.001). Variations in physical and chemical variables influenced the community structure for both meso and macrozooplankton, increasing or decreasing organism abundance. Conclusions: Coral reef zooplankton of Isla del Coco resembles that of other coral reefs under the influence of oceanic conditions, with a fauna formed mainly by calanoid copepods, chaetognaths and appendicularians, and depending on oceanographic conditions, the abundance of these groups can change.

Introducción: El zooplancton es el principal enlace entre los productores primarios y los siguientes niveles de la cadena trófica, en los arrecifes de coral representa una importante fuente de alimento, en estos ambientes comprende una amplia variedad de especies de diferentes grupos funcionales. Métodos: En el presente trabajo se analiza la estructura de la comunidad del zooplancton asociado a los sistemas arrecifales de la Isla del Coco, sus variaciones interanuales y como las variables físicas y químicas en diferentes épocas influencian la composición de especies. Las muestras se colectaron sobre los parches de arrecife de Bahía Weston, Bahía Wafer y Bahía Chatham en el sector norte de la Isla, en cuatro periodos, en 2009 a 2012, se realizaron arrastres horizontales con redes cilindro cónicas de 200 y 500 µm tamaño de poro, durante tres e cinco minutos respectivamente a diferentes horas del día. Resultados: Se identificaron 24 grupos taxonómicos dentro del Macrozooplancton y 22 dentro del Mesozooplancton. Mayores abundancias y biomasas se registraron en el Mesozooplancton. Copépodos, apendicularias e quetognatos fueron los grupos más abundantes, siendo afectadas sus abundancias por las variaciones en las variables físicas y químicas. Conclusiones: La comunidad zooplanctónica de los arrecifes coralinos en la Isla del Coco es semejante a aquellos sistemas arrecifales de zonas oceánicas bajo la influencia de aguas oceánicas, con una fauna conformada principalmente por copépodos, quetognatos y apendicularias y que dependiendo de las características oceanográficas imperantes las abundancias de estos grupos pueden cambiar.

Nocturnal variation of the zooplankton community in coral reef substrates at Isla del Coco National Park (Eastern Tropical Pacific)

Introduction: Zooplankton is a major link in coral reef food webs and a source of nutrients for corals. Demersal zooplankton in coral reefs makes diel migrations at night to avoid predation by fish and corals, increasing abundance and biomass at night. Objectives: To study the composition and variation of the demersal and pelagic zooplankton community at night and to increase the taxonomic knowledge of the benthic copepod fauna over different substrates of a coral reef. Methods: Traps made of plastic, with a 100 μm mesh size collector cup attached, were placed for 12 hours between 5-10 m depth over four substrates: (1) sand, (2) small and (3) big colonies of Porites lobata, and (4) dead and alive corals. Sampling started at dusk (1800 h), and the collector cups were collected and replaced at 2100 and 0000, and the last samples removed at down (0600 h). Results: The highest abundance of zooplankton was capture over P. lobata colonies between 0000 to 0600 h. Copepods (adults, copepodites, and nauplii) dominated the community structure and were more abundant during all the time intervals and substrates. Pelagic copepods were more abundant than the benthic, however, not more diverse. Among the benthic copepods, 20 new records of harpacticoids and calanoids were registered for Isla del Coco and Costa Rican waters. Appendicularians and decapod larvae were also abundant. Changes in coral reef community structure were related with time and not with the kind of substrate, although some taxa were found only in a specific time interval or substrate. Conclusions: Community structure and abundance of demersal and pelagic coral reef zooplankton in Chatham Bay were dominated by copepods, larvaceans and decapod larvae, similar to other coral reefs around the world. The highest abundance peak of organisms in the water column between 0000 to 0600 h could be related to diel migration.

Introducción: El zooplancton demersal en los arrecifes de coral diariamente realiza migraciones diarias durante la noche para evitar ser depredados, su abundancia y su biomasa aumentan durante la noche. Objetivos: Registrar la composición y la variación del zooplancton pelágico-demersal durante la noche y aumentar el conocimiento taxonómico de la fauna de copépodos bénticos sobre diferentes sustratos de un arrecifes de coral. Métodos: El zooplancton asociado a diferentes sustratos fue colectado usando trampas en forma de cono confeccionadas con una bolsa plástica y un copo colector de zooplancton de 100 μm, las trampas se ubicaron sobre cuatro tipos de sustratos en un arrecife de coral: (1) arena, (2) colonias pequeñas y (3) grandes de Porites lobata, y (4) coral vivo y muerto ubicadas entra 5 y 10 m de profundidad. El muestreo fue realizado durante 12 horas, las trampas fueron colocadas a las 1800 h y los copos colectores se cambiaron a las 2100, 0000 y 0600 h. Resultados: Los copépodos (adultos, copepoditos y nauplios) dominaron la composición y fueron más abundantes en todos los intervalos de tiempo y cada uno de los sustratos. Los copépodos pelágicos fueron más abundantes pero no más diversos que los bentónicos. Dentro de los copépodos bénticos recolectados, 20 nuevos registros fueron identificados para las aguas de la Isla del Coco y Costa Rica. Los cambios en la estructura de la comunidad del zooplancton de los arrecifes de coral se relacionaron con el intervalo tiempo de muestreo y no con el tipo de sustrato en que fue colocado la red. Conclusiones: La composición de la comunidad y la abundancia de zooplancton pelágico-demersal en los arrecifes de coral de Bahía Chatham fueron dominadas por copépodos, larvaceos y larvas de decápodos, similar a otros arrecifes de coral alrededor del mundo. El intervalo de tiempo con la mayor abundancia de organismos fue el de 0000 a 0600 h, este pico de abundancia puede estar relacionado con la migración vertical.

Changes in abundance and composition of a Caribbean coral reef zooplankton community after 25 years / Cambios en abundancia y composición de una comunidad de zooplancton arrecifal en el Caribe 25 años después

Abstract:Coral reef zooplankton represents a key community in coral ecosystems, as they are involved in trophic and biogeochemical dynamics, and recruitment processes. Zooplankton abundance, composition and biomass were surveyed at six stations within the coral reef at Cahuita National Park, Limon, Costa Rica, in order to compare with the only previous study conducted during 1984. Samples were collected monthly (September 2010-August 2011). Seston biomass (0.49-85.87 mg/m3) and total abundance (1 145-112 422 ind./ m3) fluctuated among the months and the stations. Higher values of these two variables were found in the rainiest months (November 2010 and May 2011). A total of 38 taxa were identified, of which calanoid copepods abundance dominated year round (66 %), followed by appendicularians (12 %). Zooplankton mean abundance in this survey resulted 20 times higher (13 184 ± 4 104 ind./m3) than in 1984 (645 ± 84 ind./m3). Copepods and appendicularians were the groups that differed the most, relative to the 1984 study, resulting in 63 and 170 times more abundant overall, respectively. An increase in terrestrial runoff and nutrient input during the past 30 years could explain these differences. High abundances of zooplankton may constitute an important food source for coral reef organisms in Cahuita ecosystem. In addition, zooplankton abundances here reported for Cahuita are among the worldwide highest coral reef zooplankton abundances, and further trophic models can help elucidate its role in coral reef resilience in the Caribbean Coast of Central America.

ResumenEl grupo de zooplancton representa una comunidad clave en los arrecifes de coral. Está involucrado en dinámicas tróficas y biogeoquímicas, y en procesos de reclutamiento. La abundancia, composición y biomasa del zooplancton fueron estudiadas en seis estaciones dentro del arrecife coralino del Parque Nacional Cahuita, para compararlas con el único estudio realizado durante 1984. Las muestras se recolectaron mensualmente (Septiembre 2010-Agosto 2011). La biomasa del seston (0.49-85.87 mg/m3) y la abundancia total (1 145-112 422 ind./m3) fluctuaron entre meses y estaciones. Los valores más altos se encontraron durante los meses más lluviosos (Noviembre 2010 y Mayo 2011). Treinta y ocho taxones fueron identificados, copépodos calanoidos (66 %) y apendicularias (12 %) dominaron la abundancia durante todo el año. La abundancia promedio en este estudio fue 20 veces más alta (13 184 ± 4 104 ind./m3) que en 1984 (645 ± 84 ind./m3). Copépodos y apendicularias fueron los grupos con mayor discrepancia con respecto al estudio de 1984. Un aumento en la descarga de nutrientes de origen terrestre, podría explicar estas grandes diferencias. Abundancias tan altas de zooplancton podrían constituir una importante fuente de alimento para los organismos del arrecife en Cahuita. Las abundancias aquí reportadas colocan al arrecife de Cahuita entre los arrecifes de coral con mayor abundancia de zooplancton en el mundo y estudios futuros en redes tróficas podrían elucidar el papel de esta comunidad en procesos de resiliencia en los arrecifes del Caribe centroamericano.

Rasgos oceanográficos en el Golfo Dulce, Pacífico de Costa Rica: una revisión para la toma de decisiones en conservación marina / Oceanographic features of Golfo Dulce, Costa Rican Pacific: a review for decision-making in marine conservation

Resumen Se indagó, de septiembre del 2005 a noviembre del 2007, las propiedades oceanográficas físicas, químicas y biológicas (zooplancton) más relevantes del Golfo Dulce, Pacífico Sur de Costa Rica, y las tipologías meteorológicas de la zona, con el objetivo de analizarlas y hacerlas disponibles como referencia en el establecimiento de actividades adecuadas para su conservación, dado que es un ecosistema acuático único en Costa Rica. El patrón de circulación de las aguas en el Golfo Dulce es el típico de estuarios tipo fiordo, con una estratificación de flujo en la columna de agua. Las corrientes marinas superficiales alcanzaron velocidades cercanas a los 18cm/s en la región de entrada al Golfo, que disminuyeron al ampliarse el área del golfo donde las velocidades llegaron a alcanzar poco más de 5cm/s en el extremo noroeste, Rincón. Predominó el flujo superficial de este-oeste, mientras que en la zona de Puerto Jiménez la velocidad fue moderada de 5.4cm/s con dirección sur. Se detectaron velocidades mayores cercanas al umbral de la entrada del golfo (17.8cm/s) y en el fondo el ámbito fue de 2.0cm/s a 4.8cm/s. Se establecieron cinco sitios de muestreo denominados GD1, GD2, GD3, GD4 y GD5, que se visitaron en cinco ocasiones, excepto en GD5 que se visitó solo una vez. No se detectó la ausencia de oxígeno disuelto en las aguas profundas del Golfo (70m a los 140m), aunque las concentraciones fueron bajas (0.25mg/L a 1.10mg/L). La distribución de las concentraciones de los nutrimentos reflejó los patrones usuales para sistemas estuarinos a nivel horizontal, y a nivel vertical las concentraciones de fosfato y silicato fueron mayores al descender en la columna de agua, tanto en la estación lluviosa como en la seca. La descomposición de la materia orgánica fue evidente puesto que las concentraciones de nitrato fueron incrementándose en las aguas profundas. De los datos de concentración de nutrimentos, se deduce que el Golfo Dulce puede ser considerado como un cuerpo de agua que se mantiene en un estado de muy buena calidad ambiental. El grupo zooplánctico dominante fue el de los copédodos (44%-83.6%). Los vientos oeste ecuatoriales se detectaron en junio y fueron más intensos entre septiembre y octubre, lo que correspondió con promedios altos de altura de las olas. A su vez, los vientos alisios de diciembre a abril disminuyeron la energía del oleaje que entra al golfo y por lo tanto la altura promedio de las olas. El ciclo anual de la precipitación fue un patrón bimodal típico del Pacífico de América Central, con máximos en mayo y octubre, con la interrupción debida al veranillo o canícula, y un mínimo de precipitación ocurrió en febrero. Golfo Dulce es un ambiente único en todo el Pacífico Este Tropical, y aunque parezca mostrar condiciones ambientales saludables, está amenazado por muchas actividades humanas; ante todo urge el establecimiento de políticas de ordenamiento y planificación de las mismas, para proteger el ecosistema bajo los principios de uso sostenible.

Abstract From September 2005 to November 2007 we studied the meteorological typologies and the physical, chemical and zooplankton oceanography of Golfo Dulce, a unique aquatic ecosystem in the South Pacific of Costa Rica. The water circulation pattern in Golfo Dulce is typical of fjord-type estuaries, with flux stratification within the water column. Surface water currents reached speeds near 18cm/s in the vicinity of the sill and diminished inward to the northwest at around 5cm/s. The east-west flux was predominant, whereas near Puerto Jiménez the speed was a moderated 5.4cm/s with a south direction. Higher speeds were found near the sill (17.8cm/s) and at the bottom (2.0cm/s to 4.8cm/s). One station was visited once, five were visited five times each. Dissolved oxygen was not absent in deep waters (70m to 140m), but concentrations were low (0.25mg/L to 1.10mg/L). Nutrient concentrations and distribution had the usual horizontal estuarine patterns and for the vertical level phosphate and silicate concentrations increased with depth. Decomposition of organic matter was evident because nitrate concentrations were higher in deep waters. Surface nutrient concentrations indicated the gulf has good environmental quality that sustains a variety of life. Copepods dominated zooplankton (44%83.6%). The strongest equatorial westerlies were detected between September and October, coincident with higher wave heights. The trade winds blowing from December to April reduced the energy of entering waves and therefore the mean wave height. The annual rainfall cycle was the typical bimodal pattern from the Central America Pacific, with maxima in May and October, except for the midsummer interruption, and minimum rain was on February. Golfo Dulce is a unique environment in the Eastern Tropical Pacific, shows healthy environmental conditions, and is threatened; therefore we urge the establishment of zoning policy for human activities, and to improve protection under the principles of sustainable use. Rev. Biol. Trop. 63 (Suppl. 1): 131-160. Epub 2015 April 01.

Analysis of real time PCR amplification efficiencies from three genomic region of dengue virus / Análisis de las eficiencias de amplificación por PCR en tiempo real de tres regiones genómicas del virus dengue

Early diagnosis of dengue virus (DENV) infection represents a key factor in preventing clinical complications attributed to the disease. The aim of this study was to evaluate the amplification efficiencies of an in-house quantitative real time-PCR (qPCR) assay of DENV, using the non-structural conserved genomic region protein-5 (NS5) versus two genomic regions usually employed for virus detection, the capsid/pre-membrane region (C-prM) and the 3’-noncoding region (3’NC). One-hundred sixty seven acute phase serum samples from febrile patients were used for validation purposes. Results showed that the three genomic regions had similar amplification profiles and correlation coefficients (0.987-0.999). When isolated viruses were used, the NS5 region had the highest qPCR efficiencies for the four serotypes (98-100%). Amplification from acute serum samples showed that 41.1% (67/167) were positive for the universal assay by at least two of the selected genomic regions. The agreement rates between NS5/C-prM and NS5/3’NC regions were 56.7% and 97%, respectively. Amplification concordance values between C-prM/NS5 and NS5/3’NC regions showed a weak (k= 0.109; CI 95%) and a moderate (k= 0.489; CI 95%) efficiencies in amplification, respectively. Serotyping assay using a singleplex NS5-TaqMan® format was much more sensitive than the C-prM/SYBR Green® I protocol (76%). External evaluation showed a high sensitivity (100%), specificity (78%) and high agreement between the assays. According to the results, the NS5 genomic region provides the best genomic region for optimal detection and typification of DENV in clinical samples.

El diagnóstico precoz de la infección por el virus dengue (DENV) constituye un elemento clave para la prevención de las complicaciones clínicas propias de la enfermedad. El objetivo del estudio fue evaluar la detección de DENV mediante un ensayo cuantitativo de PCR-tiempo real (qPCR), desarrollado localmente, utilizando la región no-estructural-5 (NS5), versus dos regiones tradicionalmente empleadas para la detección del virus, la región cápside/pre-membrana (C-prM), y la región noncodificante-3’ (3’NC). Se recolectaron 167 muestras de suero de pacientes en fase aguda de la enfermedad. Las tres regiones génicas tuvieron perfiles de amplificación/coeficientes de correlación similares (0,987-0,999). Sin embargo, la región NS5 tuvo la eficiencia de amplificación más elevada para los cuatro serotipos (98-100%). Durante el proceso de validación, 41,1% (67/167) de las muestras de suero resultaron positivas para DENV al menos por dos de las regiones genómicas empleadas. Los valores de concordancia entre las regiones NS5/C-prM y NS5/3’NC fueron de 56,7% y 97%, respectivamente. La concordancia fue débil entre las regiones NS5/C-prM (k= 0,109; CI 95%), sin embargo, fue moderada entre las regiones NS5/3’NC (k= 0,489; CI 95%). El ensayo de tipificación uniplex en formato NS5/TaqMan® mostró alta sensibilidad (100%) que el protocolo C-prM/SYBRGreen®-I (76%). La validación externa del ensayo mostró una alta sensibilidad (100%), especificidad (78%) y acuerdo alto entre los ensayos utilizados. De acuerdo a los resultados obtenidos, la región NS5 ofrece la mayor opción para la detección y serotipificación del DENV en muestras clínicas.

Apendicularias (Urochordata) y quetognatos (Chaetognatha) del Parque Nacional Isla del Coco, Costa Rica / Appendicularians (Urochordata) and chaetognaths (Chaetognatha) of Isla del Coco National Park, Costa Rica

Appendicularians and chaetognaths are important members of the zooplancton but little studied in Costa Rica and not at all at Isla del Coco Nacional Park, eastern tropical Pacific. Epipelagic (0-50m) zooplankton samples from the oceanic area off Isla del Coco, were collected in November 2001, and over patch reefs in 2009. We analized the species composition of appendicularians and chaetognaths present in 31 samples. Nine species of appendicularians, and eight species of chaetognaths were identified. Oikopleura longicauda was the most abundant in the surveyed area (217 specimens, 65.56% of total appendicularian numbers), followed by Oikopleura rufescens with 35 (10.57%). All the appendicularian species found in this study are common in warm ocean waters, but six species herein recorded for the first time from waters off Isla del Coco, and two species are new records for Costa Rica. Among the chaetognaths, Flaccisagitta enflata was the commonest species (85 specimens, 50.6% of total numbers) recorded in this study, followed by Serratosagitta pacifica with 38 organisms (20.62%). Zonosagitta bedoti was represented by a single specimen. These species have been recorded from tropical waters of the Eastern Pacific, but six species are new records for Isla del Coco. Data on the distribution and morphology of the species recorded are presented together with keys for the identification of both taxa in the surveyed area.

Las apendicularias y quetognatos son miembros importantes del zooplancton pero poco estudiados en Costa Rica y no del todo en el Parque Nacional Isla del Coco, Pacífico tropical este. Se recolectaron muestras epipelágicas de zooplancton de la zona oceánica (0-50m) de la Isla del Coco, en noviembre de 2001 y sobre parches arrecifales en 2009. Se analizó la composición de especies de apendicularias y quetognatos presentes en 31 muestras. Nueve especies de apendicularias, y ocho especies de quetognatos fueron identificadas. Oikopleura longicauda fue la más abundante en el área estudiada (217organismos, representando el 65.56% del número total de apendicularias), seguida por Oikopleura rufescens, con 35 (10.57%). Todas las especies de apendicularias encontradas en este estudio son comunes en las aguas cálidas de los océanos, seis especies se registran aquí por primera vez en aguas de la Isla del Coco y dos son nuevos registros para Costa Rica. Entre los quetognatos, Flaccisagitta enflata fue la especie más común (85 ejemplares, representando el 50.6% del número total) registrada en este estudio, seguida por Serratosagitta pacifica con 38 organismos (20.62%). Zonosagitta bedoti estuvó representada por un solo espécimen. Estas especies también se han registrado en las aguas tropicales del Pacífico oriental, pero seis especies son nuevos registros para Isla del Coco. Los datos sobre la distribución y morfología de las especies registradas se presentan junto con las claves para la identificación de los taxones en el área estudiada.

Anfípodos hiperídeos (Crustacea: Peracarida) del Parque Nacional Isla del Coco, Costa Rica, Pacífico Tropical Oriental / Hyperiid amphipods (Crustacea: Peracarida) of the Parque Nacional Isla del Coco, Costa Rica, Eastern Tropical Pacific

Hyperiid amphipods are one of the most frequently encountered pelagic crustaceans and among the most diverse marine zooplankters. To determine the species composition of the hyperiid amphipods dwelling in the waters around Isla del Coco National Park, Pacific Costa Rica, we analyzad 12 zooplankton samples, collected by vertical and horizontals tows with plankton net with mesh sizes of 200 and 500 microns and 49cm mouth diameter. We recorded a total of 22 species belonging to 17 genera and 12 families. A faunistic list of this group is provided together with data on their taxonomy and their distribution both in the surveyed area and in general. Most of the species recorded in this zone have been reported in previous surveys in the Eastern Tropical Pacific region and particularly in oceanic waters of Costa Rica. We found eight species representing new records for Costa Rican waters, thus increasing by 26% (to 38) the number of hyperiid species known from Costa Rica. The most frequent species were Lestrigonus shoemakeri, L. bengalensis, Hyperiodes sibaginis, and Phronimopsis spinifera. We expect that additional samplings both from surface and deep waters will expand the knowledge of the diversity of the group in this important protected area.

Los anfípodos hiperídeos son uno de los grupos de crustáceos pelágicos más frecuentemente encontrados y están entre los más diversos del zooplancton marino. Para determinar la composición de especies de anfípodos hipéridos que habitan las aguas alrededor del Parque Nacional Isla del Coco, Costa Rica, se analizaron 12 muestras de zooplancton. Estas fueron recolectadas mediante arrastres verticales y horizontales con una red de plancton con mallas de 200 y 500 micras y 49cm de diámetro en la boca. Se encontró un total de 22 especies pertenecientes a 17 géneros y 12 familias. Se presenta el listado faunístico de este grupo junto con datos acerca de su taxonomía, su distribución en el área de estudio y su distribución general. La mayor parte de las especies registradas en esta zona han sido reportadas en estudios previos referentes a la región del Pacífico Tropical Oriental y en particular en aguas oceánicas de Costa Rica. Encontramos ocho especies que representan nuevos registros para aguas del Pacífico costarricense, lo que incrementa en un 26% (a 38) el número de especies de hipéridos conocidos en Costa Rica. Las especies más frecuentes fueron Lestrigonus shoemakeri, L. bengalensis, Hyperioides sibaginis y Phronimosis spinifera. Se espera que muestreos adicionales tanto de aguas superficiales como profundas expandan el conocimiento de la diversidad del grupo en esta área protegida.

Algunos poliquetos holoplanctónicos (Annelida: Polychaeta) del Parque Nacional Isla del Coco, Costa Rica / Some holoplanktonic polychaetes (Annelida: Polychaeta) from the Parque Nacional Isla del Coco, Costa Rica

The holoplanktonic polychaetes have not been surveyed in the oceanic waters adjacent to Isla del Coco. These pelagic forms are studied based on the analysis of zooplankton samples collected in the area. Samples were obtained both at night and daytime by standard plankton nets (0.2-0.5 mm meshes, 0.49 m mouth diameter) hauled horizontally and vertically off the oceanic island Isla del Coco, Costa Rica in the Eastern Tropical Pacific. Pelagic polychaetes were collected in one of the night samples and were taxonomically analyzed. The material obtained includes representatives of six species and five families: Alciopidae, Lopadorrhynchidae, Tomopteridae, Polynoidae, and Typhloscolecidae. Brief diagnoses, synonymies, comparative morphological comments, taxonomic illustrations, and data on the distribution of the species collected in the plankton of Isla del Coco are provided. The record of Drieschia pellucida Moore is the first of the species in the Eastern Tropical Pacific; our specimen shows some differences with respect to the original description. The rest of the species have been recorded previously in waters of the Eastern Tropical Pacific, but are the first records of this important protected area.

Los poliquetos holoplanctónicos no han sido estudiados en las aguas oceánicas adyacentes al Parque Isla del Coco. Se estudiaron estas formas pelágicas a partir del análisis de muestras de zooplancton recolectadas en esta área protegida. Las muestras fueron obtenidas mediante redes de plancton estándar (0.2-0.5mm de malla, 0.49m de diámetro de boca) en arrastres horizontales y verticales en la isla oceánica Isla del Coco, Costa Rica, en el Pacífico Tropical Oriental. Los poliquetos pelágicos de esta zona fueron analizados taxonómicamente. El material obtenido incluye representantes de seis especies y cinco familias: Alciopidae, Lopadorhynchidae, Tomopteridae, Polynoidae y Typhloscolecidae. Se presentan diagnosis breves, sino- nimias, análisis morfológicos comparativos, ilustraciones taxonómicas y la distribución conocida de las especies recolectadas en el plancton de Isla del Coco. El registro de Drieschia pellucida Moore es el primero en el Pacífico Tropical Oriental; nuestro espécimen muestra algunas diferencias respecto a la descripción original. El resto de las especies han sido encontradas previamente en aguas del Pacífico Tropical Oriental y en el Domo de Costa Rica, pero son los primeros registros para esta área protegida.

Composición y distribución del mesozooplancton en una zona de afloramiento costero (Bahía Culebra, Costa Rica) durante La Niña 1999 y el 2000 / Composition and distribution of mesozooplankton in a coastal upwelling zone (Bahía Culebra, Costa Rica) during La Niña 1999 and 2000

We studied the annual patterns of composition, abundance and spacial-temporal distribution of mesozooplankton in the upwelling zone of Culebra Bay, north Pacific coast of Costa Rica, during the 1999 La Niña event and in 2000. The Bay showed a high variability in physical-chemical conditions during the study period in which 26 mesozooplankton groups (both meroplanktonic and holoplanktonic forms) were found. The copepods (2 358.53 ± 2 290.90ind/m³), ostracods (1 084.46 ± 1 850.20ind/m³) and invertebrate eggs (844.26 ± 7069.27ind/ m³) were the most abundant groups in Bahía Culebra. All mesozooplankton (0.2-2 mm) data showed high spatial-temporal variability although differences were not significant. Higher abundances were found during 1999, with the exception of appendicularians and crustacean larvae. Higher zooplankton abundances were observed during the dry season of both years. Stations close to the mouth show an oceanic influx of holoplanktonic forms, while inside the bay, the meroplanktonic forms were important. Mesozooplankton abundance and distribution were influenced by coastal upwelling pulses.

Se estudian los patrones anuales de la composición, abundancia y distribución espacial-temporal de mesozooplancton en la zona de afloramiento de Bahía Culebra, en la costa norte del Pacífico de Costa Rica. Bahía Culebra presenta una alta variabilidad en las condiciones físico-químicas y se encontraron 26 grupos de mesozooplancton (meroplanctónicas y holoplanctónicos). Los copépodos (2 358.53 ± 2 290.90ind./m³), ostrácodos (1 084.46 ± 1 850.20ind./m³) y huevos de invertebrados (844.26 ±7069.27ind./m³) fueron los grupos dominantes. Hubo mayores abundancias en 1999 que en el 2000, con la excepción de apendicularias y larvas de crustáceos. El zooplancton fue más abundante en la época seca de ambos años. Las estaciones de la boca muestran un flujo oceánico de formas holoplanctónicos, mientras que el interior de la bahía meroplanctónicas fueron importantes las formas. La abundancia y distribución del mesozooplancton parecen reflejar los pulsos de surgencia costera.

Eficacia de la triple cura y su relación con el genotipo de Helicobacter pylori: pacientes con dispepsia de la region centroccidental de Venezuela / Pharmacological triple therapy`s efficacy and it`s association with Helicobacter pylori`s genotype: patients suffering from dyspepsia on Venezuela`s central western region

Introducción: El Helicobacter pylori es una bacteria reconocida como agente causal de gastritis crónica, además de asociarse al desarrollo de úlcera gástrica, duodenal y está relacionada con el desarrollo de cáncer gástrico. Materiales y métodos: Se realizó un estudio de tipo experimental, incluyendo a los pacientes que acudieron a la consulta de Gastroenterología del Hospital "Dr. Antonio María Pineda" Barquisimeto en los meses de juniooctubre de 2009 presentando dispepsia, criterios de inclusión y exclusión; se les practicó endoscopia digestiva superior con biopsia de mucosa gástrica para test de ureasa rápida, estudio histológico y determinación de los genotipos de cagA y vacA H. pylori por Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR). Al confirmar la infección por la bacteria se indicó tratamiento con amoxicilina, claritromicina y pantoprazol durante 14 días consecutivos. A las 8 semanas de culminada la medicación, se practicó el segundo estudio endoscópico superior con toma de biopsias para test de ureasa rápida y estudio anatomopatológico. Resultados: Un total de 60 pacientes fueron incluidos, 76,7% mujeres y 23,3% hombres, edad promedio 38,3 años. La prevalencia de infección por H. pylori fue de 98,3% por test de ureasa y 86,67% por histología, el síntoma más frecuente asociado antes, durante y posterior a la medicación con triple cura fue la epigastralgía. Hubo un predominio de los genotipos cagA en 84,5% y las formas alélicas s1/m1 55,2%. El 56,3% de los pacientes que presentaban genotipo vacA s1/m1 respondió al tratamiento. Un 56,7% de los pacientes no respondió a la terapia triple, el 66,7% contaba con la forma alélica s2/m2 del vacA y 57,1% presentaba el genotipo cagA-positivo. Conclusión: La triple cura resulto ineficaz en el tratamiento para la infección por Helicobacter pylori en la población estudiada y presentar la forma alélica vacA s1/m1 es estadísticamente significativo para responder a esta terapia farmacológica...

Introduction: Helicobacter pylori is a bacteria known as causal agent of chronic gastritis, as well as being associated to the development of gastric and duodenal ulcer and related to the development of gastric cancer. Goal: to establish the triple therapy based pharmacological treatment efficacy on patients with dyspepsia and proved H. pylori infection. Materials and methods: It was done an experimental type study, including patients that underwent evaluation on "Dr. Antonio Maria Pineda" University Hospital´s gastroenterology service, in Barquisimeto, between June – October 2009, who presented dyspepsia and fulfilled the inclusion exclusion criteria, they underwent a superior digestive endoscopy with gastric mucous membrane biopsy for fast urease test, histologic evaluation, and polymerase chain reaction (PCR) test aid establishment of cagA and vacA H. pylori genotype. When H. pylori infection was confirmed, a 14 continuous days amoxicillin, clarithromycin and pantoprazole based treatment was prescribed. 8 weeks later the ending of the pharmacological treatment a second superior digestive endoscopy including rapid urease test and histopathological assessment biopsy was performed. Results: 60 patients were included, 76,7% women and 23,4% men, average age 38,3 years old. The H. pylori’s prevalence were 98,3% by rapid urease test and 86,67 by histological assess, the most frequent related symptom before, through an after pharmacological triple therapy was epigastric pain. There was cagA genotype and s1/m1 allelic form predominance by 84, 5% and 55,2% respectively. 56,3% of vacA s1/m1 patients had a positive response to treatment. Triple therapy failed on 56,7% of patients, of them, 66,7% had the s2/m2 vacA´s allelic form and 57,1% had cagA genotype...

The subsidiary GntII system for gluconate metabolism in Escherichia coli: Alternative induction of the gntV gene

Two systems are involved in the transport and phosphorylation of gluconate in Escherichia coli. GntI, the main system, consists of high and low-affinity gluconate transporters and a thermoresistant gluconokinase for its phosphorylation. The corresponding genes, gntT, gntU and gntK at 76.5 min, are induced by gluconate. GntII, the subsidiary system, includes IdnT and GntV, which duplicate activities of transport and phosphorylation of gluconate, respectively. Gene gntV at 96.8 min is divergently transcribed from the idnDOTR operon involved in L-idonate metabolism. These genetic elements are induced by the substrate or 5-keto-D-gluconate. Because gntV is also induced in cells grown in gluconate, it was of interest to investigate its expression in this condition. E. coli gntK, idnOokan mutants were constructed to study this question. These idnO kan-cassete inserted mutants, unable to convert gluconate to 5-keto-D-gluconate, permitted examining gntV expression in the absence of this inducer and demonstrating that it is not required when the cells grow in gluconate. The results suggest that E. coli gntV gene is alternatively induced by 5-keto-D-gluconate or gluconate in cells cultivated either in idonate or gluconate. In this way, the control of gntV expression would seem to be involved in the efficient utilization of these substrates.

Polimorfismo del codón 72 de TP53 y riesgo de cáncer gástrico: estudio caso-control en individuos de la región centroccidental de Venezuela / TP53 codon 72 polymorphism and gastric cancer risk: a case-control study in individuals from the central-western region of Venezuela

El polimorfismo del codón 72 del gen TP53 ha sido asociado con un riesgo elevado para el desarrollo de cáncer. Este polimorfismo origina dos variantes de la proteína, una con un residuo de Arginina (CGC), y otra con Prolina (CCC). El objetivo del estudio fue analizar la asociación de este polimorfismo con el riesgo de desarrollar cáncer gástrico en individuos procedentes de la región centroccidental de Venezuela, considerada de alto riesgo para esta neoplasia maligna. El ADN fue extraído de biopsias de adenocarcinoma gástrico incluídas en parafina (n = 65) y biopsias endoscópicas de pacientes con gastritis crónica (n = 87). El polimorfismo del codón 72 de TP53 fue determinado por PCR-RFLP. Se observó un incremento significativo de la frecuencia del alelo Arg en los pacientes con cáncer gástrico (P = 0,037), originando un riesgo 4,6 veces mayor (95% IC 1,0-21,3) de desarrollar esta enfermedad. Se evidenció un incremento del genotipo Arg/Arg en adenocarcinoma gástrico poco diferenciado (OR: 3,1; 95% IC 1,0-9,2), y del genotipo Arg/Pro en adenocarcinoma de moderado/buen grado de diferenciación (OR: 3,5; 95% IC 1,1-11,0) al comparar con el grupo de cáncer gástrico, y este último también al contrastar con los individuos con gastritis crónica (OR: 2,4; 95% IC 1,1-5,2). Los resultados de este estudio sugieren que la condición de portador del alelo Arg podría estar asociado con el desarrollo de cáncer gástrico en esta región de Venezuela.

Codon 72 polymorphism of the tumor suppressor gene TP53 has been associated with a higher risk in the development of several types of cancer. The polymorphism results in a variant protein with either an arginine (CGC) or a proline residue (CCC). The aim of this study was to analyze the association of the TP53 codon 72 polymorphism with the risk of developing gastric cancer in a high-risk population from the central-western region of Venezuela. DNA was extracted from paraffin-embedded gastric adenocarcinoma biopsies (n = 65) and endoscopic biopsies from chronic gastritis patients (n = 87). TP53 codon 72 polymorphism was determined by PCR-RFLP from all samples. Patients with gastric cancer had a significantly higher frequency (P = 0.037) of the Arg allele than those with chronic gastritis. A logistic regression analysis suggested that Arg carrier individuals had a 4.6-fold higher risk (95% CI 1.0-21.3) of developing gastric cancer. An increment of the Arg/Arg genotype was observed in poor-differentiated gastric adenocarcinoma (OR: 3.1; 95% CI 1.0-9.2), and of the Arg/Pro genotype in well/ moderate-differentiated adenocarcinoma samples (OR: 3.5; 95% CI 1.1-11.0), when comparing within the gastric cancer samples; and the last group also when contrasting it with chronic gastritis patients (OR: 2.4; 95% CI 1.1-5.2). The results of this study suggest that the carriage of the Arg allele could be associated with the development of gastric cancer in this Venezuelan population.

Colangiopancreatografia retrograda endoscópica en pacientes con patología biliopancreática: Experiencia en 322 casos

Introducción: La Colangiopancreatografía retrógrada endoscópica (CPRE) es el procedimiento de elección actual en la patología biliopancreática, principalmente en casos de obstrucción biliar y colangitis, jugando un rol importante en el tratamiento de las estenosis benignas y malignas de las vías biliares. Objetivo: Presentar la experiencia de la Unidad de Gastroenterología del Hospital Central Universitario Antonio María Pineda en CPRE en pacientes con patología bilio-pancreatica. Material y métodos: Se realizó un estudio descriptivo retrospectivo mediante la revisión de historias clínicas de pacientes con patología biliopancreática que ameritaron una CPRE en el Servicio de Gastroenterología del Hospital Central Universitario Antonio María Pineda durante 2004- 2007, excluyéndose las historias incompletas para la información requerida. Resultados: Se revisaron 322 casos encontrándose que 69% pertenecía al sexo femenino. El grupo etario predominante estuvo comprendido entre 30 y 42 años. La indicación de la CPRE fue Coledocolitiasis en 61% seguida de neoplasias bilio-pancreaticas en 17%. Los hallazgos ecográficos más frecuentes previos a la CPRE fueron la dilatación de vías biliares en 44% y coledocolitiasis en 19%. Los hallazgos más frecuentes encontrados en la CPRE fueron Odditis en 23%, cálculos en via biliar en 21% y dilatación coledociana en 15%. Se realizaron 202 papiloesfinterotomias, se colocaron 58 prótesis y realizaron 40 dilataciones con balón. El 88% de las CPRE fue exitoso siendo la principal complicación la hemorragia leve en 9%. Conclusiones: la CPRE es un procedimiento seguro y efectivo en el tratamiento y diagnóstico de algunas patologías del árbol hepatobiliar, con resultados de morbilidad comparables a los entregados por las series internacionales.

Background: Endoscopic Retrograde Cholangiopancreatography (ERCP) is currently the first choice of treatment for biliopancreatic pathologies, mostly in cases of biliary obstruction and cholangitis, playing a leading role in the treatment of either benign or malign strictures of the biliary tree. Objectives: to present the experience at the Gastroenterology Department of the Antonio Maria Pineda Central University Hospital in patients undergoing ERCP for a biliopancreatic pathology. Materials and methods: a descriptive, retrospective study was conducted by review of clinical histories of patients with biliopancreatic pathology requiring the performance of an ERCP between years 2004-2007, excluding clinical histories with incomplete data. Results: overall, 322 histories were reviewed, 69% of the patients were female and a predominance of subjects aged 30-42 was found. The most frequent indication for ERCP was choledocolithiasis (61%), followed by biliopancreatic neoplasms (17%). The most common echographic findings previous to ERCP were dilation of the biliary tree in 44% and choledocolithiasis in 19% of the cases. Findings on ERCP were mostly odditis (23%), gallstones (21%) and choledocian dilation (16%). 202 papillotomies were performed, 58 prostheses were implanted and 40 balloon dilations were performed. Eighty-eight percent of the ERCPs were successful, with mild bleeding as the most frequent complication (9%). Conclusions: ERCP is both and effective and safe procedure for the treatment and diagnosis of some pathologies of the hepatobiliary tree, with morbidity results matching those seen in international series.

Identificación bioquímica y PCR especie-específica de cepas de Burkholderia cepacia de origen hospitalario y ambiental en Venezuela / Biochemical and specie-specific PCR identification of Burkholderia cepacia strains from hospital and environmental sources in Venezuela

Burkholderia cepacia es un bacilo gramnegativo no fermentador (BGNNF) reconocido como un patógeno oportunista para humanos y como agente causante de daño en cultivos vegetales. Su identificación es difícil y laboriosa confundiéndose a menudo con taxones relacionados. En este trabajo se examina, mediante técnicas bioquímicas y PCR especie-específica, una colección de 74 cepas de BGNNF de origen hospitalario y ambiental, con el objetivo de evaluar las condiciones para la identificación de rutina de B. cepacia en el medio hospitalario. El empleo de métodos comerciales automatizados, pruebas bioquímicas convencionales y una selección de pruebas complementarias permitió la identificación satisfactoria de 28 (37,8%) como B. cepacia, 15 (20,3%) S. maltophilia, 9 (12.2 %) A. xylosoxidans, 19 (25.6%) especies de Pseudomonas, 1 Ralstonia (1,4%) y 2 no identificadas. El empleo de PCR permitió confirmar la identificación del género Burkholderia y la caracterización de las especies o genomovares dentro del Complejo B. cepacia (CBc). La mayoría (12) pertenece al genomovar I (B. cepacia), 5 al II (B. multivorans); 3 al III (B. cenocepacia), 1 al IV (B. stabilis), y 7 al grupo V (B. vietnamiensis). El uso combinado de estas metodologías permitió la identificación precisa de miembros del CBc en muestras de origen hospitalario y ambiental.

Burkholderia cepacia is a non fermentative grannegative bacilli (NFGNB) known as an opportunists pathogen for human beings and associated with plant diseases. Its identification is a difficult task, being usually confused with related genera. In this work a collection of 74 NFGNB from environmental and hospital sources were examined by biochemical and PCR methods in order to evaluate the conditions for hospital identification of B. cepacia. The use of conventional biochemical methods, and a selection of complementary tests allowed a satisfactory identification of 28 (37,8%) as B. cepacia, 15 (20,3%) S. maltophilia, 9 (12.2 %) A. xylosoxidans, 19 (25,6%) other Pseudomonas, 1 Ralstonia (1,4%) and 2 non identified ((2.7%). By PCR B. cepacia identification was confirmed and the genomovars or species of the B. cepacia complex (BcC) were differenciated. The majority (12) belongs to the genomovar I (B. cepacia), 5 to II (B. multivorans), 3 to III (B. cenocepacia), 1 to IV (B. stabilis), and 7 to the B. vietnamiensis group. The use of biochemical and molecular methods allowed us the identification of BcC members from environmental and hospital sources.

The metabolism of gluconate in Escherichia coli: Physiological evidences of a regulatory effect of idnR on the expression of the gntR regulon operons

Uptake and phosphorylation initiate the catabolism of gluconate in E. coli. Such activities conform two systems,GntI and GntII, encoded by two sets of genes differently located on the E. coli chromosome and under different regulation. gntT, gntU and gntK (minute 76) encode for high and low affinity gluconate transports and for a thermoresistant gluconokinase respectively, that conform GntI; the mentioned genes and those of the edd-eda operon (minute 41) are negatively regulated by the gntR gene product conforming the gntR regulon. idnT and gntV (minute 96), encode for another gluconate transport and a thermosensitive gluconokinase, conforming GntII. These genes are presumably positively controlled by IdnR. IdnT also functions as a permease for idonate; the corresponding gene is included in the idnDOTR operon, responsible for idonate metabolism, in which gluconate is an intermediary. Here we report a regulatory action of IdnR on the operons of the gntR regulon; i.e., gntT, gntKU and edd-eda. The expression of these operons, was diminished in a gntR mutant complemented with a clone of idnR and also in E. coli mutants in which the idnDOTR operon is expressed in a gluconate dependent inducibility. This is the first report of a regulatory effect of IdnR on edd-eda operon expression.

El transporte y la fosforilación inician el catabolismo del gluconato en E. coli. Estas actividades conforman dossistemas, GntI y GntII, codificados por dos grupos de genes, diferentemente regulados y ubicados en distintos sitios del cromosoma. Los genes gntT, gntU y gntK (minuto 76), codifican distintas proteínas para transportes de alta y baja afinidad para gluconato y una gluconoquinasa termoresistente respectivamente, que forman el sistema GntI; los genes respectivos junto con los del operón edd-eda (minuto 41), son regulados negativamente por el producto de gntR (minuto76) constituyendo el regulón gntR. Los genes IdnT y gntV (minuto 96), codifican otra permeasa para gluconato y una gluconoquinasa termosensible que forman GntII. IdnT funciona también como permeasa para idonato; el gen correspondiente es parte del operón idnDOTR, regulado positivamente por IdnR y responsable del metabolismo del idonato en el que gluconato es un intermediario. Se reporta un efecto regulatorio de IdnR sobre los operones del regulón gntR; i.e., gntT, gntKU and edd-eda. La expresión de estos operones resultó disminuida en una mutante gntR complementada con un clon de idnR y también en mutantes de E. coli en la que la expresión del operón idnDOTR se induce en presencia de gluconato. Este es el primer reporte de la acción regulatoria de IdnR sobre la expresión del operón eddeda.

Localización molecular mediante PCR inverso del sitio de inserción de un transposon TN 10 ligado a gntS en mutantes de Escherichia coli / Molecular location by inverse PCR of the insertion site of a Tn10 transposón ligated to gntS in Escherichia coli mutants

La vecindad del sitio de inserción del transposón Tn10, portado por la mutante de Escherichia coli DF601, contiene el gene gntS, un presunto regulador positivo involucrado en el metabolismo del gluconato en E. coli. Aunque el análisis molecular de la región del minuto 95.3, señalado originalmente como el sitio de inserción del transposón, reveló el ORF f251 con características de regulador, transformaciones con éste y otros ORFs de la región, una vez clonados, no complementaron la función perdida en mutantes gntS. El presente trabajo racionaliza la causa de tales resultados. Con base a la secuencia nucleotídica suministrada por GenBank y la aplicación de la técnica de PCR inverso, se encontró que el sitio exacto de inserción del transposón Tn10, portado por la mencionada mutante y sus derivadas TetR, es la posición 4442377, la cual interrumpe el ORF ytfN en la región del minuto 95.8 del mapa genético y no en la del minuto 95.3, como fue originalmente establecido. Los resultados, además de señalar sin ambigüedad la región cromosómica a investigar para lograr los fines propuestos, indican la conveniencia de aplicar la técnica sencilla de PCR inverso, para ubicar elementos genéticos antes de emplearlos en estudios moleculares.

The vicinity of the Tn10 transposon insertion site, carried by the Escherichia. coli mutant DF601, contains the genegntS, a putative positive regulator involved in the metabolism of the gluconate in E. coli. Although the molecular analysis of the 95.3 minute region, originally reported as the transposon insertion site, revealed the ORF f251 as one with regulator characteristics, transformations with this and other ORFs associated with the region, once cloned, did not complement the lost function in gntS mutants. The present work rationalizes on the cause of such results. Based on the nucleotide sequence provided by GenBank and application of the inverse PCR technique, it was found that the exact site of the Tn10 transposon insertion is in the position 4442377, interrupting the ytfN ORF at the minute 95.8 of the E. coli genetic map and not at minute 95.3, as it was originally established. The results indicate the precise chromosomal region to investigate in order to obtain the initially proposed aims and the convenience of applying the simple technique of inverse PCR to locate genetic elements as well.

Presencia y patrones de comportamiento del delfín manchado costero, Stenella attenuata (Cetacea: Delphinidae) en el Golfo de Papagayo, Costa Rica / Occurrence and behavioral patterns of the spotted coastal dolphin Stenella attenuata (Cetacea: Delphinidae) in the Gulf of Papagayo, Costa Rica

Dolphins are characterized by a significant behavioral versatility, which allows them to respond to environmental seasonality. Seasonal variation in dolphin behavior in tropical waters is not well known. Stenella attenuata graffmani is a resident dolphin in the clearly defined seasonal Gulf of Papagayo, Costa Rica, and we studied if dolphin group size, occurrence and behavioral patterns were associated with season and time of day in the gulf. Using strip transects we surveyed two locations for three consecutive years.School size ranged from 1 to 50 individuals, mean group size was 10.16 (SD =9.61) individuals. Overall, foraging activities were the most frequent, followed by social interactions and travel. From 6:00 AM to 9:00 AM we mostly observed social interactions, followed by feeding-socializing (9:00 AM-12:00 PM) and feeding exclusively (12:00 PM-3:00 PM). Social activities intensified afterwards (3:00 PM-6:00 PM). Behavior and gulf seasonality were associated (c 2 =90.52,gl =6,p<0.05,n =99). In the dry season (December- April) feeding predominated over other activities, but socializing was more frequent in the early rainy season (May-July). Larger groups (mean 12 dolphins) forage actively; smaller groups (mean 6 dolphins 6.51 ± 5.12) foraged more passively. Seasonal variation in dolphin activities are likely to be associated with food availability, as observed in the high number of groups involved in foraging behaviors, and a high investment in foraging activities during the dry season

Los delfines se caracterizan por una increíble versatilidad, la cual les ha permitido responder a los cambios estacionales de su ambiente. Dicha variación estacional en los patrones de comportamiento se considera poco conocida en delfines que habitan aguas tropicales. El delfín manchado (forma costera) Stenella attenuata graffmani, parece ser la única especie de cetáceo residente en el Golfo de Papagayo, área que se caracteriza por una estacionalidad muy bien definida. El objetivo de este trabajo es determinar si esta estacionalidad influencia el tamaño del grupo, la presencia y patrones de comportamiento de esta especie de delfín en el golfo. Usando transectos en banda se recorrieron dos localidades del Golfo de Papagayo. El tamaño del grupo varío de uno a 50 individuos, con una media de 10.16 (DS =9.61). Las actividades alimentarias fueron más intensas que las interacciones sociales y de desplazamiento, las cuales siguieron un ordenamiento diario y estacional. Se describieron dos técnicas principales de forrajeo las cuales parecen estar asociadas con el tamaño del grupo y localidad dentro del golfo. La variación diaria en los patrones de comportamiento parecen estar relacionados con la disponibilidad, distribución, y arreglo espacial de las presas. De igual manera, la variación estacional de estas actividades probablemente esta asociada por la disponibilidad de alimento, tal como ha sido observado en un mayor número de grupos y una mayor inversión de tiempo en actividades de alimentación durante la época seca y finales de las lluvias

Comportamiento de las masas de agua en el Golfo Dulce, Costa Rica durante El Niño (1997 - 1998) / Water mass behavior of Dulce Gulf, Costa Rica, during El Niño (1997-1998)

Los patrones de circulación oceánica, la estructura vertical de la columna de agua y la posición vertical de la termoclina son factores de gran importancia para comprender la distribución vertical de los organismos planctónicos en los océanos. Este trabajo estudia la hidrografía del Golfo Dulce, un fiordo tropical en el Pacífico Oriental Tropical (POT), y la posible influencia sobre dicho sistema del ENOS 1997-1998. Se seleccionó un total de cinco estaciones de muestreo, para las cuales se obtuvo, mensualmente, perfiles verticales de temperatura (ºC), salinidad (‰) y oxígeno disuelto (mg O2 /l) durante un periodo de dos años. Los resultados muestran una fuerte estratificación vertical de la columna de agua asociada a la morfología de la cuenca del Golfo Dulce y a la incidencia del fenómeno ENOS. Además, se determinó que existen diferencias significativas en las características hidrográficas de las partes interna y externa de la cuenca del Golfo Dulce. Finalmente, se detectaron eventos bianuales de entrada de agua oceánica fría, con salinidad y concentraciones de oxígeno disuelto relativamente altas, a la cuenca. Estos eventos podrían estar asociados al sistema de afloramiento costero del Golfo de Panamá

In order to understand the vertical distribution of planktonic organisms in the oceans, it is important to consider a number of factors. Including oceanic circulation patterns, the vertical structure of the water column and the vertical position of the thermocline. This study examines the hydrography of Golfo Dulce, a tropical fjord -like embayment in the Eastern Tropical Pacific, and the influence of the 1997-1998 ENSO on the system. Five sampling stations were selected and visited once a month for two years in order to obtain vertical profiles of temperature (ºC), salinity (‰) and dissolved oxygen (mg O2/l). Results show a strong vertical stratification of the water column associated to the morphology of Golfo Dulce’s basin and to the effects of ENSO. Moreover, the existence of significant differences between the hydrographic characteristics of the inner and outer parts of the basin was detected. Finally, biannual events in the influx of cold, high salinity, and oxygen rich oceanic water masses into the basin were detected. These events might be related to the same forces driving the coastal upwelling system in the Gulf of Panama